Né en l'an 283, Jon Snow est le fils bâtard de lord Eddard Stark et d'une inconnue. Lord Eddard l'a vraisemblablement prénommé « Jon » en l'honneur de lord Jon Arryn dont il avait été le pupille aux Eyrié pendant près de onze ans. Jon a le long visage solennel et réservé caractéristique des Stark et ressemble beaucoup à son père. Mince, noiraud et gracieux, il a les yeux d’un gris si sombre qu’on les dirait noirs. Il est également doté d'une grande acuité visuelle. Jon est officiellement plus jeune de quelques mois que Robb, le fils aîné et héritier de lord Eddard. Il a hérité du grand sens de l'honneur, du courage et de l'austérité de lord Eddard. En effet, bien que réservé, Jon peut s'emporter aisément s'il est le témoin d'une injustice. Intelligent et attentif aux conseils de ses aînés, il sait également réagir dans l'urgence. Il ne manque pas d'empathie pour autrui et sait se montrer bienveillant et protecteur envers les plus faibles. Il n’a pas de très bonnes relations avec lady Catelyn Stark qui le rejette, mais il s’entend bien avec ses demi-frères et sœurs, avec Robb et Arya en particulier. Il vit toutefois très mal son statut de bâtard qui le prive des droits et honneurs réservés à un membre de la prestigieuse maison Stark. Sa position délicate lui permet cependant d'apprendre à voir au-delà des apparences et à sonder l'hypocrisie de ses contemporains. Sur le plan religieux, Jon révère les anciens dieux.

Lord Eddard n'a jamais révélé publiquement l'identité de la mère de Jon. Lorsque sa jeune épouse lady Catelyn a cherché à en savoir plus, il lui a seulement déclaré que Jon était « de son sang ». Cependant, il a dévoilé à son ami et roi Robert Baratheon le nom d'une certaine Wylla, dont il aurait eu Jon pendant la rébellion, après son mariage avec lady Catelyn Tully. Mais une rumeur circule aussi : Eddard aurait aimé lady Ashara Dayne, la sœur de ser Arthur Dayne, l'Épée du Matin, quand il lui a ramené Aube. Ashara Dayne, célèbre pour ses yeux violets, s’est suicidée lorsque Ned est reparti pour le Nord. Jon n'a cependant pas connaissance de ces hypothèses quant à l'identité de sa mère.