Si Sam a fait ce qu'il a pu pour tirer un trait sur le conflit qui a eu lieu à Mission City et revenir à ses préoccupations quotidiennes, la guerre entre les Autobots et les Decepticons, tout en étant classée secret défense, a entraîné plusieurs changements. Le secteur 7 a ainsi été dissout et son plus fidèle soldat, l'agent Simmons, a été révoqué sans ménagement. Résultat : une nouvelle agence, NEST, a été mise en place...